شورای‌عالی امنیت ملی در زمان دولت خاتمی، تصمیم به جنگ با طالبان می‌گیرد، اما رهبر انقلاب، این مصوبه را امضا و تأیید نمی‌کند؛
در ۱۷ مرداد ۱۳۷۷ به دنبال قتل عام پرسنل کنسولگری ایران در مزار شریف توسط گروهی ناشناس که ادعا می‌شد طالبان، هستند، احمد شاه‌مسعود در مذاکره با نظامیان ایرانی، خواهان تصرف هرات در حمله مشترک و با پشتیبانی سلاح‌های سنگین ایران، می‌شود.
این پیشنهاد با حمایت علاءالدین بروجردی، معاون آسیای وقت وزیر خارجه دولت خاتمی و نماینده ویژه وقت دولت خاتمی در موضوع افغانستان، سرلشگر علی شمخانی، وزیر دفاع دولت خاتمی، سرلشگر سیدحسن فیروزآبادی، رییس وقت ستاد کل نیروهای مسلح و معاون امور دفاعی میرحسین موسوی در زمان نخست‌وزیری، سرلشگر سیدرحیم صفوی، فرمانده وقت کل سپاه و علی لاریجانی، رییس وقت سازمان صداوسیما، در دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی که ریاست وقت آن شورای‌عالی نیز با سیدمحمد خاتمی، رییس‌جمهور وقت بود، تصویب و گزارش آن توسط علی ربیعی برای رهبر انقلاب ارسال می‌شود.
علی ربیعی، مشاور خاتمی و مسئول اجرایی دبیرخانه در گزارش جداگانه‌ای برای رهبری، فضای بحث‌ها و مخالفت شدید سردار. محمد باقری، معاون وقت اطلاعات و عملیات ستاد کل نیروهای مسلح (رییس فعلی ستاد کل نیروهای مسلح) و سرلشکر شهبازی، رئیس وقت ستاد ارتش را نیز گزارش می‌کند (به عبارتی، بقیه حاضرین، حداقل، مخالف شدیدی نداشتند)؛ نگرانی اصلی آنان، گرفتار شدن نظامیان ایران در باتلاق افغانستان و خطرات آن است؛
این نامه، حدود ساعت ۲ نیمه شب ۲۸ مرداد، برای رهبری ارسال می‌شود که بلافاصله در ساعت ۵ صبح ۲۸ مرداد، پاسخ رهبری دریافت می‌شود که اعلام می‌کنند: ما وارد این باتلاق نخواهیم شد و تصریح می‌کنند که ورود نیروهای مسلح ایران به باتلاق افغانستان مجاز نیست و تدابیر دیگری انجام شود.
۲ شهریور در دیدار رهبری با آقای هاشمی مسئله افغانستان مطرح می شود؛ رهبری با اقدام نظامی در افغانستان مخالف هستند، ولی نظامیان دستور دارند که به استعداد شش لشکر از سپاه و ارتش برای کنترل شرارت‌های احتمالی طالبان و آمادگی برای اقدام احتمالی، فقط در مرز، مستقر شوند.
ظاهرا نظر رهبری این بوده است که «افغانستان مانند باتلاق است؛ هرکسی که واردش شده، نتوانسته آبرومندانه خارج شود؛ رهبر انقلاب، معتقد بودند که نشان دادن واکنش ضروری است، اما باید هشیارانه، تمامی شرایط واکنش مسلحانه را در نظر بگیریم.»
برگرفته از یادداشت محسن امین‌زاده، معاون وزیر خارجه دولت خاتمی در روزنامه سازندگی و همچنین به نقل از امین‌زاده در کتاب عزیمت تهران نوشته فلینت و هیلاری لورت.
