در دوران حضور محمدجواد آذری جهرمی در وزارت ارتباطات دولت دوازدهم نیز عارف یکی از مخالفان او در این وزارتخانه بود.
بررسی رسانه‌های اصلاح طلب و اعتدالی بیانگر آن است که آنان در مطالبی می‌کوشند تا ضمن برجسته سازی حذف محمد جواد آذر جهرمی برای حضور در کابینه، عامل حذف این فعال سیاسی را محمدرضا عارف بنامند.
آذری جهرمی در ایام تبلیغات انتخاباتی پابه‌پا و دوشادوش پزشکیان برای پیروزی در انتخابات تلاش کرد. گرچه نام او در لیست اعضای اصلی شورای راهبری نیز دیده می‌شد ولی نشانه‌ها حکایت از آن داشت که حضور پررنگی در جلسات تصمیم‌گیری نداشت و خودخواسته چندگام عقب‌تر ایستاده بود.
اجماع شورای راهبری و برخی چهره‌های اثرگذار در نهایی کردن کابینه پیشنهادی چهاردهم، بر حضور آذری جهرمی در سمت معاونت اجرایی و سرپرست نهاد ریاست جمهوری بوده است.
برخی اخبار حکایت از آن دارد که تنها مخالف این انتصاب محمدرضا عارف، معاون اول دولت بوده است. سابقه مخالفت عارف البته به این موضوع محدود نمی‌شود و در دوران حضور محمدجواد آذری جهرمی در وزارت ارتباطات دولت دوازدهم نیز عارف یکی از مخالفان او در این وزارتخانه بود، وزارتخانه‌ای که عارف خود نیز زمانی دیگر مسئولیت آن را عهده‌دار بود.
بنا بر روایت‌ها، اجماع صورت گرفته در نهایت با مخالفت عارف و برخی اصلاح‌طلبان کنار گذاشته می‌شود و گزینه‌ای دیگر برای این سمت از سوی رئیس‌جمهوری معرفی می‌شود.
حضور در معاونت علمی فناوری دولت چهاردهم نیز یکی دیگر از سمت‌های پیشنهادی برای آذری جهرمی بوده است که عارف در این مورد هم بنا به ملاحظاتی که برای این معاونت داشته با آن مخالفت می‌کند.
چرا آذری جهرمی پیشنهاد وزارت ورزش و وزارت ارتباطات را نپذیرفت؟ سکانداری «وزارت ورزش و جوانان» و «وزارت ارتباطات» نیز به آذری جهرمی پیشنهاد شده بود که آذری جهرمی نپذیرفته است.
در مورد اول آذری جهرمی تاکید کرده که در وزارت ورزش اصل بی‌طرفی در ورزش حائز اهمیت است و او نمی‌تواند از این منظر این مسئولیت را بپذیرد.
در مورد وزارت ارتباطات نیز آذری جهرمی تاکید داشته حضورش در این جایگاه قطعا با مخالفت‌های جدی روبه‌رو خواهد شد که ضربه جدی در مسیر کار این وزارتخانه و دولت پزشکیان خواهد بود و برهمین اساس این پیشنهاد را نپذیرفته است.
