یکی از مواردی که همواره در بازار سرمایه مطرح می‌شود بحث عدم استقلال نهادهای بالادستی این نهاد از دولت است. بیشتر اعضای شورای عالی بورس از حاکمیت یا دولت بوده یا باید به تایید هیئت وزیران برسند. رئیس سازمان بورس نیز در نهایت به حکم وزیر اقتصاد منصوب می‌شود (و در خیلی مواقع از بدنه وزارت اقتصاد، مانند معاونت اقتصادی هستند).
از سوی دیگر دولت به جای نقش ناظر و ریل‌گذار، عملا نقش بازیگر را در بورس ایفا می‌کند و چه خود و چه شرکتهای وابسته به خود در بازار سهام فعال هستند. در واقع بخش‌های مختلفی از دولت و حاکمیت با هدف تامین مالی و یا سرمایه‌گذاری در بازار فعالیت می‌کنند و با فعالان بخش خصوصی و اشخاص حقیقی در بازار رقابت می‌کنند. حتی بسیاری از انتصابات در بازار سرمایه با اعمال نفوذ سیاسی دولت انجام می‌شود و لزوما منطبق با شایستگی نیستند. دولت در مقام رقابت با بخش خصوصی وارد شده و با استفاده از نفوذی که دارد برای خود قواعدی طراحی می‌کند که به نفع خودش باشد.
دولت همچنین ممکن است براساس وضعیت سیاسی خود تصمیماتی اتخاذ کند که منجر به سقوط و زیان به بازار باشد. به عنوان مثال دولت می‌تواند برای مواد اولیه و محصولات صنایع مختلف نرخ‌گذاری می‌کند و به راحتی و با یک تخفیف یا افزایش نرخ می‌تواند ارزش سهام بنگاه‌ها را هزاران میلیارد جابجا کند.
دولت از آنجایی که نفوذ بسیاری در نهادهای تصمیم‌گیر و اصلی سازمان بورس و همچنین خود شرکت‌ها و ناشران دارد تصمیماتی را اتخاذ می‌کند که کاملا به ضرر سهامداران خرد و بدون وجود منطق اقتصادی هستند. به عنوان مثال براساس قیمت‌گذاری دستوری، اجازه افزایش قیمت خودرو را نمی‌دهد ولی از سمت دیگر، بهای تمام شده فولاد (به عنوان یکی از تامین کننده‌های اصلی شرکتهای خودرو) را از طریق افزایش قیمت گاز بالا می‌برد. این موارد باعث می‌شود تا زیان انباشته شرکتهای خودروسازی به شدت بالا رفته و باعث ضرر و زیان زیاد این شرکت‌ها شود. یا در مثالی دیگر، دولت به شرکتهای بیمه دستور می‌دهد که اوراق دولتی را خریداری کنند، این شرکت‌ها نیز مجبور می‌شوند واحدهای خود را در صندوق‌ها ابطال کنند یا سهم‌های شرکتهای پرتفوی خود را به فروش برسانند و اوراق دولتی را خریداری کنند، همین امر باعث می‌شود تا فشار فروش در بازار افزایش یافته و بسیاری از سرمایه‌گذاران دچار خسارت‌های مادی زیادی شوند. یا در مثالی دیگر، اجبار دولت نسبت به صندوق‌ها و همچنین بانک‌ها برای خرید اوراق دولتی است که باعث خلق نقدینگی از طریق استقراض بانک‌ها از بانک مرکزی و بالا رفتن نرخ بهره بین بانکی و اثرگذرای منفی روی بازار سرمایه و همچنین افزایش تورم می‌شود.
همه این مثال‌ها و موارد نشان دهنده عدم استقلال بازار سرمایه ایران از دولت و به نوعی برقراری رابطه و اتحاد قاعده‌گذار و ذینفع در این بازار توسط دولت است. دولت خود قاعده‌گذاری می‌کند و خود از منافع آن قاعده‌گذاری استفاده می‌کند اما سایر سرمایه‌گذاران در این بازار با ضررهای سنگین مواجه می‌شوند.
این تعارض منافع چه پیامدهایی دارد؟
دستکاری پیوسته قیمت‌ها، عوارض، مالیات، مقررات صادرات و واردات، نرخ ارز، نرخ سود بین بانکی و محدودیت‌های گوناگون مالکیت و مدیریت بنگاه‌ها و … به واسطه اینکه دولت خود به عنوان یک بازیگر فعال در بازار سرمایه حضور دارد باعث شده تا اعتماد سرمایه‌گذاران به این بازار خدشه دار شده و دولت عملا تصمیماتی باب میل خود (به لحاظ سیاسی و …) اخذ کند و حقوق سرمایه‌گذاران را نادیده بگیرد. در نهایت این موقعیت می‌تواند به متضرر شدن مردم و از میان رفتن اعتماد به بازار سرمایه منجر شود.
چه راهبردی برای مدیریت این تعارض منافع پیشنهاد می‌شود؟
در صورتی که دولت قصد داشته باشد خود به عنوان بازیگر در بازار بورس فعالیت کند و به عنوان مثال سهم خود را به فروش برساند، باید ترکیب شورای عالی بورس و همچنین سازمان بورس کاملا مستقل از وزارت اقتصاد و بدنه دولت باشد تا بتواند به عنوان یک نهاد مستقل عمل کند. در واقع استقلال بازار سرمایه از دولت مهمترین مدیریت تعارض منافع برای مواردی است که موجودیت آن دولت و نهادها و افراد دولتی هستند.
