تاریخ پژوه معاصر معتقد است اعدام سران برخی گروهک‌ها باعث شد سؤالات زیادی در باب این گروه های مشکوک مانند «فرقان» که آیت الله مطهری را ترور کردند، بی‌پاسخ بماند و حجم مسائل و چالش‌های انقلاب اسلامی موجب شد بسیاری از حقایق مربوط به آنان کشف نشود.
عباس سلیمی نمین در این باره به الف گفت: درباب ماهیت گروهک فرقان کار تحلیلی منسجم و دقیقی تا به حال انجام ندادیم. حقیقت آن است که در ابتدای انقلاب پس از ترورهای صورت گرفته از این گروهک بسیاری از آن‌ها اعدام شدند و سؤالات زیادی در باب این گروه مشکوک بی‌پاسخ ماند و فرصت مطالعه از دست رفت. حجم مسائل و چالش‌های انقلاب اسلامی موجب شد بسیاری از حقایق مکتوم بماند و مکشوف نشود. اگر در همان سال‌ها روی موضوع فرقان پژوهش جدی صورت می‌گرفت بسیار راهگشا‌تر بود، امروزه موضوعات مطرح شده از این گروهک غالباً مبتنی بر تحلیل است نه اطلاعات، البته یک سری حقایق و اسناد در دسترس است اما نه آن قدر که سؤالات ما را پاسخ دهد.
وی افزود: گروهک فرقان برخلاف آنچه که درظاهر ابراز می‌نمود تنها با روحانیت مشکل نداشت. ترور شهید قرنی شاهد بر مدعا است. قرنی تنها به جرم اینکه جبهه غرب را حفظ کرده بود و نگذاشت پادگان‌های نظامی سقوط کند از سوی فرقان با بهانه سرکوب مردم مسلمان ترور شد و به شهادت رسید! پس باید فرقان را چیزی بالاتر از این ظواهر دید. سازمان مجاهدین هم شبیه به فرقان بود، اما سعی داشت برای خود یک پوسته مردمی ایجاد کند تا بتواند افراد را به سمت خود بکشاند.
او اشاره داشت: امروزه خط و ربط این جریانات با جبهه سلطه برای ما روشن شده است، روابط فرقان و مجاهدین و این گروه‌ها با دولت‌های خارجی چیزی است که پژوهشگران غربی هم تایید کرده اند. مثلا در کتاب «نبرد مخفی» به تفصیل این موضوع بیان شده که چگونه گروه‌های تروریستی در ایران بنا به سیاست دول متخاصم دست به شرارت می‌زدند. قدرت و حجم این نزدیکی‌های به قدری است که می‌توان ادعا کرد تعدادی از عملیات‌های منافقینِ سازمان به نام فرقان بوده است. ارتباط این دو گروه بسیار نزدیک و محکم بود، طوری که چه در زندان و چه در خارج از زندان باهم مرتبط بودند و اساساً فرقانی‌ها را می‌توان نیروهای مجاهدین به حساب آورد. ضمن اینکه نشریه فرقان مکرراً به جزوات و آثار مجاهدین ارجاع می‌داد و آبشخور فکری اعضای فرقان تا حد زیادی متصل به ایدئولوژی سامان مجاهدین خلق بود. همینطور رهبر فکری گروهک فرقان یعنی حبیب‌الله آشوری در مشهد با اعضای سازمان مجاهدین دیدار و گفت‌وگو داشته است.
سلیمی نمین گفت: به طور مثال، نباید راحت از کنار ترور شخصیتی شهید مطهری از سوی مجاهدین در قبل از انقلاب گذشت. پیش از پیروزی نهضت اسلامی، سازمان مجاهدین حملات شدیدی را علیه تئوریسین‌های انقلابی انجام داد و به نوعی در صدد بدنام کردن آن‌ها در جامعه بود. به هرحال ایدئولوژی سازمان با حقیقت جامعه نمی‌خواند و آنان مجبور بودند از طرفی حفظ ظاهر کنند و خودشان را به مبارزینی چون امام خمینی و آیت‌الله طالقانی نزدیک نشان دهند، و هم از طرفی مبنای فکری جریان حزب‌اللهی را مخدوش سازند. سازمان دقیقاً به همین روش در سال‌های اولیه انقلاب عضوگیری می‌کرد و الا تعداد کادر سازمان مجاهدین خلق در زمان پیروزی انقلاب شاید به 150 نفر هم نمی‌رسید.
این تاریخ پژوه بیان کرد: باید تصریح کرد که انقلاب برای بسیاری از کشورهای جریان سلطه خطرناک بود و باید به نوعی جلوی آن را میگرفتند و گروه های تروریستی و نفوذی برخی احزاب چنین ماموریتی را داشتند. امروزه به طور مثال در مورد بمب گذاری حزب جمهوری به نظر میرسد در کنار مجاهدین سایر گروه ها هم نقش داشتند.
