روزنامه انتخاب در فروردین ۱۳۷۸ با مدیریت دکتر طه هاشمی که نماینده مردم قم در مجلس و عضو هیئت مدیره دفتر تبلیغات اسلامی بود و به صاحب امتیازی دفتر تبلیغات اسلامی راه‌اندازی شد. پس از تعطیلی روزنامه، محمدمهدی فقیهی و مصطفی فقیهی، با همکاری برخی روزنامه نگاران روزنامه انتخاب، خبرگزاری انتخاب راه‌اندازی کردند. در حال حاضر محمدمهدی فقیهی، مدیر مسول و علی مرادی، سردبیر این خبرگزاری است.
خبرگزاری انتخاب، برخلاف روزنامه انتخاب که چهره‌ای محافظه کارانه داشت، به عنوان یک رسانه اینترنتی با تفکرات محافظه کاری مدرن و مخالف جریان‌های تندرو یاد می‌شود. به علاوه خبرگزاری انتخاب طرافداری مستقیمی از محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری و طرافداری‌های حزبی از اصلاحطلبان در دیگر انتخابات‌ها داشته است.
با یک سرچ ساده در انتخاب می‌توان متوجه گرایش اصلاح طلبی این سایت شد. در دوره ریاست جمهوری رئیسی هم تا امروز خط مشی این رسانه انتقاد از دولت بوده است. اما بخش تحلیلی این خبرگزاری به قوت بخش خبری آن و حتی پرکار تر از بخش خبر درحال فعالیت بود. سرویس سیاسی، اقتصادی و بین‌الملل این رسانه بسیار فعال بوده و در بخش بازنشر محتوای سایر خبرگزاری‌های داخلی و خارجی هم بسیار فعال عمل می‌کرد. ترجمه تحلیل‌های روز خارجی هم از جمله محتواهایی است که خبرگزاری انتخاب به انتشار آن می‌پرداخت. سرویس چندرسانه‌ای انتخاب هم که از سرویبس‌های فعال این خبرگزاری بوده را نمی‌توان نادیده گرفت.
درحال حاضر اما این خبرگزاری از دسترس خارج شده است. سیزدهم شهریورماه، انتخاب به اتهام تخلف از قانون مطبوعات و مصوبات شورای عالی امنیت ملی بر اساس تبصره ماده ۱۲ قانون مطبوعات، توقیف و پرونده آن به مرجع قضایی ارجاع شد. انتخاب ویدیویی با تیتر «حراج برند ایران/ سیاست خارجی ایران چرا اینقدر تضعیف شده است؟» منتشر کرده بود که در آن مطالبی خارج از حدود قانون و مغایر با منافع ملی و بر علیه سیاست‌های اصولی نظام در سیاست خارجی طرح شده بود.
