علت خوشحالی دشمنان از شهادت آیت الله رییسی و همراهان وی متعدد است اما یکی از مواردی که خیلی روی آن تاکید می‌کنند نقش آیت‌الله رئیسی در قضیه منافقین در دهه ۱۳۶۰ است.
در پی شهادت آیت‌الله سید ابراهیم رئیسی رئیس‌جمهور و همراهانش در سانحه سقوط هلی‌کوپتر حسین اصغری پژوهشگر تاریخ معاصر یادداشتی نوشته که برای انتشار در اختیار مهر قرار گرفته است.
مشروح متن یادداشت مورد اشاره در ادامه می‌آید؛
حادثه ناگواری که برای بالگرد حامل رئیس‌جمهور و جمعی از مسؤولان همراه وی اتفاق افتاد، موجب شد تا دل ملت ایران به درد آید و در عزای از دست دادن این جمع خدوم، به سوگ و عزا بنشیند؛ این در حالی است که دشمنان و بدخواهان نظام اسلامی بر طبل شادانه کوبیدند و از این فاجعه، اظهار خرسندی کردند. علت خوشحالی دشمنان نیز متعدد است اما یکی از مواردی که خیلی روی آن تاکید می‌کنند نقش آیت‌الله رئیسی در قضیه اعدام منافقین در دهه ۱۳۶۰ است؛ مسأله‌ای که رهبر معظم انقلاب نیز بر ضرورت تبیین و تحلیل درست از آن دوران تاکید کردند تا مبادا جای «جلاد» و «شهید» عوض شود.
آیت‌الله رئیسی به عنوان یکی از مقامات قضائی آن دوره در مقابله با جنایات و خیانت‌های منافقین و مجازات آن‌ها نقش اساسی ایفا کرده است و همین مساله دستاویزی برای دشمنان نظام شده است که در طول این سال‌ها، حملات گسترده‌ای علیه وی داشته باشند. در این یادداشت، به گوشه‌ای از عملکرد سازمان منافقین به طور اجمال اشاره شده است تا ماهیت این سازمان تروریستی برای مخاطب روشن‌تر شده و ارزش و جایگاه اقدامات دستگاه قضائی وقت از جمله آیت‌الله رئیسی برای مقابله با این سازمان شفاف‌تر شود.
در میان گروه‌ها و جریاناتی که علیه رژیم پهلوی مبارزه می‌کردند، «سازمان مجاهدین خلق» نامی آشنا برای کسانی است که تاریخ سیاسی معاصر ایران را دنبال می‌کنند؛ نامی که تداعی‌کننده خرابکاری، ترور، بمب‌گذاری و اقدامات مسلحانه است، آن هم در شرایطی که جریان اکثریت مردمی به رهبری امام خمینی (ره) راه و روش مبارزه مسالمت‌آمیز را علیه رژیم پهلوی در پیش گرفته بود.
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، هر یک از گروه‌ها و جریانات ملی و چپ تلاش می‌کردند تا در حاکمیت سیاسی ایران نقش ایفا کنند و بر آن تسلط داشته باشند که از جمله این گروه‌ها، «سازمان مجاهدین خلق» بود. به مرور زمان، جریانات و گروه‌های مخالف متوجه شدند که نظام جمهوری اسلامی توسط حرکت منسجم مردمی تأیید و تثبیت شده است و دیگر مجالی برای قدرت‌طلبی آن‌ها در عرصه سیاسی کشور نیست فلذا هرکدام واکنش مخصوص به خود را داشتند که عمدتاً به فعالیت رسانه‌ای و سازماندهی حزبی برای آینده محدود می‌شد، اما در این میان سازمان مجاهدین خلق رادیکال‌ترین رفتار را از خود بروز داد که تلاش برای تصاحب قدرت از طریق روش مسلحانه بود.
مسعود رجوی به عنوان رئیس سازمان منافقین، تلاش کرد طی یک بازه یکساله چنین به اعضا وانمود کرد که گویا نظام جمهوری اسلامی آن‌ها را به مرور زمان مجبور کرده است تا وارد مبارزه مسلحانه شوند و اکنون حرکات قهرآمیز مسلحانه مطالبه بدنه سازمان است.مسعود رجوی برای مقابله با جمهوری اسلامی، چند مرحله را در نظر گرفته بود: مر حله اول «بی‌آینده کردن نظام» نام داشت؛ به این معنی که با هدف قرار دادن مسؤولین نظام، ثبات و آینده نظام را از بین ببرند مسعود رجوی برای مقابله با جمهوری اسلامی، چند مرحله را در نظر گرفته بود: مر حله اول «بی‌آینده کردن نظام» نام داشت؛ به این معنی که با هدف قرار دادن مسؤولین نظام، ثبات و آینده نظام را از بین ببرند. در این مرحله که از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ شروع و تا تابستان ۱۳۶۱ ادامه داشت شاهد بزرگ‌ترین عملیات تروریستی علیه مسؤولین جمهوری اسلامی هستیم؛ فاجعه انفجار دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی که موجب به شهادت رسیدن شهید بهشتی و بیش از ۷۰ نفر از مسؤولین مؤثر نظام شد یکی ازاین موارد است که علی رغم اینکه سازمان هیچ‌گاه مسؤولیت این واقعه را به صورت علنی نپذیرفت اما مسعود رجوی و موسی خیابانی از این اقدام تحت عنوان «ضربه مهلک» نام بردند؛ در ادامه سازمان به دنبال بمب‌گذاری در بیت حضرت امام بود که تلاشش در این زمینه ناکام ماند تا اینکه هدف بعدی خود یعنی رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر (شهیدان رجایی و باهنر) را مورد توجه قرار داد و با انفجار بمبی قوی، آنان را به شهادت رساند.
سازمان منافقین علاوه بر ترور مسؤولین سیاسی، به ترور شخصیت‌های مذهبی نیز روی آورد و شهدای محراب (ترور ۵ امام جمعه در محراب نماز) نمونه‌ای از جنایات منافقین در این راستا است و به قدری در اجرای ترور اهداف خود مصر بود که حتی از عامل انتحاری هم استفاده کرد.
اگرچه حذف فیزیکی مسؤولان نظام در ابتدای انقلاب اسلامی باعث سقوط جمهوری اسلامی نشد و منافقین به هدف خود نرسیدند اما ضربات جبران ناپذیری را در پیکر نظام وارد کردند. تحلیل سازمان منافقین این بود که اکنون نوک هرم حاکمیت ضربه خورده و باید با ورود به مرحله دوم نظامی «سرانگشتان نظام» را زد و به تعبیر مسعود رجوی باید تنه سرکوبگر را ترور کرد که موجب ناامن‌سازی و ایجاد بحران در کشور نیز می‌شود. در این راستا اعضای سازمان منافقین از طرف مسعود رجوی حکم آتش به اختیار دریافت و براساس ظواهر مذهبی افراد، اقدام به ترور مردم کوچه و بازار در سطح گسترده کردند؛ از خواربار فروش و پارچه‌فروش و نانوا و بنگاهی گرفته تا زنان بی‌دفاع و بچه‌های مظلوم از جمله دختربچه ۳ ساله به نام لیلا نوربخش که زنده زنده در آتش سوختند.
اما این‌ها، تنها جنایات این سازمان در حق ملت ایران نبود؛ در داستان جنگ تحمیلی که ایران مورد تجاوز نیروهای رژیم بعث واقع شده بود،منافقین تمام قد در کنار نیروهای صدام ایستادند و در زمینه جاسوسی، تخلیه تلفنی نیروهای ایرانی و شنود و جمع‌آوری اطلاعات جنگ خدمات گسترده‌ای به رژیم بعث عراق داده و خیلی زود لقب ستون پنجم دولت بعث را به خود اختصاص دادند منافقین تمام قد در کنار نیروهای صدام ایستادند و در زمینه جاسوسی، تخلیه تلفنی نیروهای ایرانی و شنود و جمع‌آوری اطلاعات جنگ خدمات گسترده‌ای به رژیم بعث عراق داده و خیلی زود لقب ستون پنجم ارتش دولت بعث را به خود اختصاص دادند؛ منافقین حتی در لباس رزمندگان ایرانی به صفوف نیروهای ایران نفوذ می‌کردند و گرای موشک‌های عراقی را منتقل کرده و حتی به ترور رزمندگان ایرانی اقدام می‌کردند. به نوعی می‌توان گفت پیوند این سازمان با رژیم بعث عراق، آنان را به ارتش خصوصی صدام تبدیل کرده بود که نه تنها علیه ملت ایران اقداماتی را مرتکب می‌شدند، بلکه علیه کردهای خود عراق نیز اقداماتی را به نفع صدام انجام داده و باعث کشته شدن تعداد بالایی از عراقی‌های مخالف صدام شده بود (حدود دو برابر افرادی که توسط منافقین در ایران کشته شدند).
در طول جنگ تحمیلی، چندین عملیات را ترتیب دادند و مستقیماً وارد عرصه نبرد شدند نظیر عملیات «آفتاب» یا «خورشید تابان» که منجر به شهادت مجروحیت حدود ۳۵۰۰ نفر از سربازان لشکر ۷۷ خراسان و اسارت ۵۰۸ نفر شد، عملیات «مرصاد» که ۹۷۷ نفر از مردم عزیز اینان به شهادت رسیدند و جنایات باورنکردنی از زنده‌سوزی افراد گرفته تا بریدن سر بیماران و آتش زدن بیمارستان (تمام مادران و با کودکان خود سوخته بودند) را مرتکب شدند، عملیات «فروغ جاویدان» که منجر به شهادت ۳۰۴ نفر از مردم ایران شد و یا عملیات چلچراغ که بیش از ۱۵۰۰ نفر از ایرانی‌ها به اسارت منافقین درآمدند. افزون بر مطالب فوق، می‌توان به نقش آن‌ها در کشتار حجاج ایرانی در مکه سال ۱۳۶۶ نیز اشاره کرد.
حال باید به این پرسش پاسخ داد: آیا دستان کسانی را که با این سازمان تروریستی مقابله می‌کردند تا امنیت را برای ملت ایران تأمین و تضمین کنند نباید بوسید؟ حق این است که باید از مسؤولانی که به هر شکل در مبارزه با این سازمان تروریستی تلاش کردند و مجازات جلادان آن دوران را با قاطعیت اجرا کردند نهایت تشکر و قدردانی را داشت که از جمله آن‌ها باید قدردان زحمات و اقدامات آیت‌الله رئیسی بود.
