عمده اختلاف باکو و ارمنستان بر سر استان سیونیک است جایی که مرز ایران و ارمنستان را تشکیل داده و موجب جدایی منطقه نخجوان از دولت باکو شده است . چنانچه این منطقه به تصرف باکو درآید از یک سو ارتباط ایران با روسیه ، قفقاز و اروپا قطع شده و موقعیت ژئوپولتیکی ایران به خطر می افتد از سوی دیگر باکو به ترکیه وصل شده و ترکیه و ناتو به دریای خزر دسترسی پیدا می کنند
باکو در تبلیغات وسیع خود برای اشغال سیونیک مدعی است در ۱۹۲۰ میلادی، سیونیک یا همان زنگزور بخشی از جمهوری باکو بوده، پس اکنون باید آن را اشغال کند تا اتصال مستقیم باکو به ترکیه امکان‌پذیر شود
ادعای باکو به هیچ وجه منطقی نیست زیرا در آن صورت قراباغ و نخجوان که در نقشه های سال ۱۹۱۸ بخشی از ارمنستان بوده اند باید به این کشور برگردند . اصلا خود کشور باکو تا سال ۱۸۱۳ میلادی بخشی از خاک ایران بود که با قرارداد شوم گلستان و ترکمنچای از ایران جدا شد
